製品ねじの谷の径やその形状が悪いことに起因していることが考えられます。
この場合、通りねじリングゲージの内径と製品ねじの谷底が干渉しているので、ダイスのねじ山先端やねじ切りバイトのノーズＲを確認する必要があります。

【嵌め合い断面拡大図】

これで解決できない場合は、有効径が限界値に近すぎたり、ピッチや、ねじ山角度に問題があることになります。
なお、製作時にも、ねじゲージを使用すべきことは言うまでもありません。